下载
登录/ 注册
主页
论坛
视频
热股
可转债
下载
下载

基因股重磅消息——人类外显子最大数据库公布 为医学遗传疾病检验提供支持

15-11-19 19:42 16964次浏览
一零一
+关注
博主要求身份验证
登录用户ID:
人类外显子最大数据库公布 为医学遗传疾病检验提供支持

个人完整基因组测序技术的进步令科学家们捕获到了某些疾病的遗传成因,但是如果没有大型基因组数据集来相互比对突变的话,要想将这些突变与基因组前后序列联系在一起非常困难。

近期一组国际研究人员汇总了来自60,706个个体的完整外显子序列,并在这些志愿者的同意下,通过外显子集成联合(Exome Aggregation consortium ,ExAC)共享这些序列信息。同时这一研究组的分析内容也于10月30日公布在生物学预印网站BioRxiv上。

BioRxiv由非营利机构美国冷泉港实验室(CSHL)启动,CSHL希望将BioRxiv打造为生物学家专有的预印本文献库。BioRxiv的目标是加速研究传播,并在科学家的论文正式开始同行评议前,使其获得论文反馈的机会。

这项研究由来自Broad研究院的Daniel MacArthur领导完成,其研究组收集了世界各地实验室中的外显子数据,“编撰人类遗传多样性目录取得了前所未有的成果,”作者在BioRxiv上写道。在这一数据库中的许多突变只出现过一次。

“这是有史以来医学遗传疾病检验最有用的资源之一,”哈佛大学医学院临床实验室主任 Heidi Rehm说。

除此之外,这一研究组也发现了3,230个高度保守的外显子基因,这些基因参与了关键细胞功能,其中有2,557个与疾病无关。作者推测,这些基因如果发生突变,要么导致胚胎死亡(在能诊断之前就over了),要么就会引起尚未得到遗传描述的罕见疾病。

“我们很快就能精确的分析得出,如果这些位点出现突变,那就会要了你的命,而且我们也能说至今没有携带这些突变的个体出现过,”MacArthur表示。

不过这并不是指这就是人体中必需的一套完整基因,来自哥伦比亚大学的遗传学家David Goldstein说。只有通过研究更多的外显子才能定义出这个数字来。

新型罕见遗传病

迄今为止世界上最大规模、全国性范围的罕见疾病基因测序项目:“解密发育疾病项目”(Deciphering Developmental Disorders,DDD)近期发现了四种新的罕见遗传病。

研究组分析了来自英国和爱尔兰的4125个家庭的全外显子组测序数据(这些家庭中至少有一个孩子受发育障碍影响),发现在约1000个家庭中找到了已知疾病的新发突变(de novo mutation),在剩余的3000多个家庭中则没有发现已知疾病的致病突变。为了在剩余的这些家庭中寻找新的隐性遗传病致病基因,研究人员采用了一种计算策略来分析全外显子组数据,筛查在双等位基因位点均会改变蛋白功能的突变,以识别具有相似临床特征、在相同基因存在有害遗传变异的患儿。通过比较患儿与60000多名研究志愿者(他们同意分享其遗传学数据以支持医学研究)中观察到的遗传变异,研究团队确定了四种之前未曾阐明的遗传疾病。

这些数据也纳入了ExAC数据库,MacArthur博士虽然没有参与这项研究,但他指出:“我们迫切需要发现罕见疾病遗传原因的新方法。这项研究展示了巧妙的分析方法以及来自ExAC项目志愿者的遗传学数据的价值,将帮助罕见疾病家庭寻找答案。”

十万人基因组计划

英国计划在2017年完成10万人的基因测序工作,这一计划预计需投入资金3亿英镑,将把科研得出的大量数据整合进英国公共医疗体系当中。此次“十万基因组计划”是此前英国推出的“千人基因组计划”的“升级版”。新的“十万基因组计划”并非只对癌症患者特定的“癌症基因”进行测序,而是要对其进行“全基因组测序”。

从去年5月起,英国已在伦敦、剑桥等地医院开始研究,英国各地的高校、科研机构等也在协助英国卫生部推进这一计划。报道说,英国目前已完成了100个基因组测序,年内将达1000多个,2015年达到1万个,2017年将全部完成。

目前研究人员已经成功募集了3500名罕见疾病患者和2000个癌症病人,未来只需要找到75000名志愿者(其实基本都是这些患者的亲属)就够了。

相关人员表示,迄今为止,化疗仍是治疗癌症的主要途径,但副作用较大,因此有必要找到对人体伤害较小的替代疗法。绘制基因组图谱有助于将来顺利找到癌症的替代疗法,而正确掌握基因组图谱也有利于癌症以及其他疑难病症的诊断、预防和治疗。

其它类似项目

全球千人基因组计划建立全球人类基因变异的目录

ClinVar:NIH建立的变异与相关生理状况的数据库

墨尔本基因组学健康联盟:汇集了来自澳大利亚维多利亚州的多个临床和科研合作伙伴,包括墨尔本卫生部、墨尔本大学、澳大利亚基因组研究基金和澳大利亚联邦科学与工业研究组织等7家机构。合作伙伴有着共同的目标,即将基因组信息整合到日常医疗保健中,测定患者或遗传疾病高危人群的基因序列,以推动研究,其最终结果将应用于改善临床治疗效果。(生物谷
打开淘股吧APP
34
评论(81)
收藏
展开
热门 最新
那一夜

15-11-21 22:49

0
日前,湖南省和贵州省相继发布了关于支持基因测序技术应用的政策。贵州省提出,高龄单独两孩孕产妇出生缺陷基因筛查享受全免费政策。湖南省的政策则似乎更加激进——未来,湖南省将用政府采购的方式开展和推广遗传病基因检测、开展基因检测试点、大力推广个性化医疗、将部分基因检测费用纳入医保等。

但在诸多专家看来,尽管基因测序日益红火,但要想真正爆发,“走入寻常百姓家”,数据量累积带来的处理问题以及行业标准问题仍待解决。

火热的基因测序

2014年,美国当地保险机构Priorty Health宣布,公司与基因测序测试公司Foundation Medicine签订协议,将后者的基因测序产品纳入医保范围。今年,国内贵州、湖南等省份的跟进,又将基因测序推向风口浪尖。

基因测序为何这么热?

在此前的杭州云栖大会上,华大基因互联网发展中心总监官鑫向《中国科学报》记者举了一个例子:“根据现有的科学研究,人能不能喝酒与基因有关,并且还可以通过基因测序测出哪些人能喝酒,哪些人不能喝。”

“这种技术对我就非常有用。因为我不能喝酒。我想,以后是不是可能会出现这种情况,有人劝酒之前,你就可以拿出一个基因测序的结果给他看,避免大家尴尬。”官鑫笑言。当然,基因测序的应用远不止于此,准确地检测某些疾病的患病风险才是它的初衷。

作为国内基因测序的领军企业,华大基因在2014年就在京启动“千万家庭远离遗传出生缺陷”计划,预计通过基因检测技术大幅降低中国的出生缺陷率。该计划首度聚焦唐氏综合征和粘多糖病、鱼鳞病、地中海贫血、苯丙酮尿症等罕见遗传病。其中,唐氏综合征的基因检测方法被称为无创产前检测,是目前最为成熟的基因临床应用。

中科院自动化所博士、聚道科技创始人李夏戎向《中国科学报》记者指出,随着基因测序技术的发展,个人的健康问题,包括遗传病等都可以分析出来,“通过基因数据的分析,我们能够知道未来的后代有多大概率得某个疾病以及怎么预防该疾病的发生” 。

基因测序的火热,也带来整个行业的火暴。目前,国内的基因测序企业不下数百家。而随着全球精准医疗规模的快速增长,也将助推基因测序强势崛起。

有数据显示,2015年全球精准医疗市场规模近600亿美元,预计2015~2020年期间增速达15%,是医药行业增速的3~4倍;2013年基因测序市场规模约45亿美元,2013年至2018年复合增长率为21.2%,而国内2012年至2017年复合增长率将达20%~25%。

数据膨胀呼唤计算能力提高

基因测序行业迎来发展高峰期的同时,数据处理的问题也日益凸显。

官鑫表示,随着下一代基因测序、生物质谱和医学成像等医学技术的迅猛发展,大数据浪潮为生物医学带来了前所未有的机遇,这将根本性地改变生物医学基础研究和医疗实践,但同时生物医学领域数据爆炸式的增长也对海量数据的存储和分析提出新的挑战。

“我们对于很多复杂疾病的了解,包括人的表情与基因数据的关系,都需要很多的样板量去做验证,甚至需要机器学完成。这就呼唤大数据技术和云计算以及人工智能的介入。”官鑫说。

一脉基因创始人郝向稳也指出,人类的一套基因组包含30亿个碱基对的基因组,能够编码功能蛋白的基因数量在3万左右,但这仅占整个基因组区域的3%,基因组上超过90%区域的功能人类还是未知的。因此,对于生命的解读不仅需要科学领域的不断创新,更需要计算领域的支持和参与。

李厦戎认为,现在所说的基因测序更多在于基因数据的预处理阶段,还没有到基因数据大规模利用的阶段。“未来大的数据出现之后,必然需要大量的计算能力。”

而在奇云诺德创始人罗奇斌看来,基因信息存在大量冗余、分析技术难度高、数据解读跟不上是目前基因测序行业的瓶颈,而这也将催生出大量专注于数据存储、分析、解读服务的公司。

罗奇斌对记者表示,基因数据处理产业的解决方案就是云技术服务,利用云平台运维数据处理流程,以实现大部分工作的高效自动化和低成本,并对接医疗健康应用领域。“云端技术能够解决数据存储、数据运算和数据安全问题,由于云端技术已经成为互联网公司的专宠,未来互联网公司拥抱基因行业指日可待。”罗奇斌说。

期待政府制定行业标准

在基因测序大规模推广和商业化之前,还有很多棘手的问题需要解决,行业规范化就是先决条件。

在采访中记者了解到,作为新兴行业,基因测序目前存在诸多乱象,对此,众多专家呼唤有关部门应及早介入解决。

“就像一本《基因决战》的书中所提的,基因行业不能像其他行业那样,落后于别人,必须得到社会重视和政府的支持。”官鑫表示。

郝向稳也坦言,目前基因测序市场比较混乱,有的企业号称几百元就能帮人作测序,有的则要几千元或者上万元,导致大众产生认知混乱。

“当然,基因检测是宽泛的概念,市场上有针对各种各样不同目的的基因检测套餐。每种套餐价格是不一样的。”因此,郝向稳建议政府部门在科研数据搜集、数据库、基因解读的规范化方面多下功夫,促进整个行业的健康发展。

“我们觉得政府应该做的事情,就是设立数据的行业标准。”李夏戎指出,美国目前在这方面就做得比较好,无论医疗数据还是个人有关的数据都有一系列的标准,保证数据存储、传输、处理的安全性和规范性。但是,目前我国在这方面概念还很模糊,这就导致科研机构、医疗机构、企业在利用基因数据的时候,没有统一的规则,也造成基因测序行业良莠不齐。这种情况,亟须得到改变。
快活泉

15-11-21 16:53

0
我支持,超级牛散何雪萍3季度大举布局基因检测概念股,如紫鑫药业千山药机康芝药业
一零一

15-11-21 13:37

0
差点忘了去年还有一只航天信息
[引用原文已无法访问]
一零一

15-11-21 13:35

0
最好看看我一直以来的帖子,难道去年的拓尔思天玑科技飞利信南威软件环能科技等后面的走势都是废的?!我上一篇帖子介绍的北陆药业后面三成的涨幅也是废的?!
一零一

15-11-21 13:32

0
@经常当轿夫 请问那一句是在吹票呢?
一零一

15-11-21 13:03

0
如果各位不吝积分捧场和加油,本人将尽力提供更多的资料,以供彼此探讨!
一零一

15-11-21 13:02

0
关于基因测序,我目前只关注这几个国内公司:

1、达安基因,计划覆盖全产业。(一直在自选中关注股价变化)

2、紫鑫药业,国产化进程,有点像电信行业以前的大唐,但国产化替代任重道远。(关注研发进程,随研发进度调整心理预期接受价位)

3、北陆药业,助攻癌症基因测序,世和基因的测序和中美康士细胞免疫治疗形成完美布局。(已经持有并不打算卖出)

4、中源协和,新生儿干细胞样本库助推基因测序。(在自选中关注股价变化以及公司业绩何时改善)

5、千山药机,高通量基因检测和基因芯片研发。(关注基本面变化)

6、新开源,基因测序服务。(在自选中关注股价变化,因股性活跃而关注买入时机)

7、荣之联,基因检测大数据。(密切关注一切变化)

8、仟源医药,婴儿基因保存,未未来基因测序和治疗提供样本依据,新收购江苏最大的医学检验所——无锡联合利康临床检验所有限公司,虽然以医学诊断和医学检验为主的临床检验机构,目前不涉及基因检测,但可以看作是公司为基因检测的研发投了重要一子。恩氏基因已经保存有超过十万份婴儿基因,对未来而言,样本库和数据库更有价值。(已经买入并考虑继续加仓)
一零一

15-11-21 12:32

0
谢谢以上几位朋友。@股涨直上 @睿智516 @赚出味道 @快活泉 @阿宾
股涨直上

15-11-21 11:56

0
达安基因更好就是股本太大了。当年14块的时候做了二十个点就跑了
睿智516

15-11-21 09:15

0
股权收购-收购检验医学79.65%股权 掘金基因检测耗材市场
2015年4月15日公告称,公司拟以6778万元向科华生物( 002022 )收购上海科华检验医学产品有限公司79.65%的股权,以进一步拓展公司现有医疗产业。公告指出,检验医学主营业务为真空采血管和核酸检测管的生产和销售,公司于2013 年5 月取得上海市食品药品监督管理局核发的编号为沪食药监械生产许20081603 号的《医疗器械生产企业许可证》,公司拥有11项自主知识产权,是国内少数拥有该产品生产技术及批文的企业。目前,检验医学主要产品为真空采血管和核酸检测管,其中核酸检测管(EDTA-K2/分离胶)可以将血浆与血细胞有效分离,避免对核酸检测的干扰,效果优于普通的真空采血管,广泛应用于采供血机构、医院、疾控中心、临床检验中心、第三方实验室等,公司未来业务将集中在基因检测方向进行拓展。根据协议,本次收购完成后,检验医学的股东zhu*新将在检验医学管理团队中担任主要管理者之一。zhu*新承诺检验医学2015-2017年度的承诺净利润数额分别不低于600 万元、1200 万元、2000 万元。昌红科技正宗的基因测序概念股
刷新 首页 上一页 下一页 末页
提交